Un émonctoire est un organe ou canal servant à l'élimination des déchets, à l'évacuation des sécrétions de l'organisme. En naturopathie il y a 5 grands émonctoires : les poumons, les reins, la peau, les intestins et le couple foie-vésicule biliaire. L'insuffisance des grands émonctoires, entraîne une auto-intoxication de l'organisme, due à la rétention de produits qui aurait dû être normalement éliminés.
Il existe 2 types de déchets en naturopathie : les colles et les cristaux.